元朝仍繼續保留著宋朝遺留下的一些御茶園和官焙（制茶工場），元大德三年（公元1299年），計有茶園120處，在武夷設焙局（制茶工場）于四曲溪，稱御茶園，焙工數以千計，大造貢茶。據董天工《武夷山志》載，元順帝至正末年（公元1367年），貢茶額達990斤，明初仍之，至明世宗嘉靖三十六年（公元1557年），建寧太守錢黼因本山茶枯，御茶改貢延平（福建南平）。

明朝御茶生產，茶農負擔甚重，除完成攤派的貢額之外，每年還要分擔喊山供祭費。清?釋超全《武夷茶歌》載：“景泰年間（公元1450～1456年）茶久荒，喊山歲猶供祭費，輸官茶購自他山。”當時建寧每年驚蟄日，官吏致祭御茶園邊的通仙井，祈求井水滿而清，用以制貢茶，祭畢鳴金擊鼓，臺上揚聲同喊曰：“茶發芽”！稱喊山。

至明朝時，蒸青團餅茶漸漸減少，隨著炒青芽茶的出現，開始改貢芽茶（即散茶）。據《明大政紀》記述，明太祖朱元璋于“洪武二十四年（公元1391年）九月，詔建寧歲貢上供茶，罷造龍團，聽茶戶推采芽茶以進，有司勿與。天下茶額惟建寧為上，其品有四：深春、光春、次春、紫筍，置茶戶五百，免其搖設。上聞有司遣人督迫納賄，故有是命。”因此正式改貢芽茶是自明朝始，芽茶品質優于團餅茶，官吏們趁督造貢茶之機，貪污納賄，無惡不作。

《明食貨志》載：“明太祖時（公元1368～1398年），建寧貢茶一千六百余斤，到朱載?隆慶（公元1567～1572年）初，增到二千三百斤。”明朝其他各地貢茶額也都比宋朝增加。其增加的數額中，相當一部分是督造官吏層層加碼之故。明孝宗弘治年間（公元1488～1505年），進士曹琥《請革貢茶奏疏》，曾揭露了這種貢茶苛政，《疏文》說：“臣查得本府（廣信府）額貢芽茶，歲不過二十斤。邇年以來，額貢之外有寧王府之，有鎮守太監之貢。是二貢者，有芽茶之征，有細茶之征。始于方春，迄于初夏，官校臨門，急如星火。農夫蠶婦，各失其業，奔走山谷，以應珠求者，相對泣。因怨而怒，殆有不可勝言者。如鎮守太監之貢，歲辦干有余斤，不知實貢朝廷者幾何？”奏疏中接著陳述了貢茶的五大害處：其一，采制貢茶正當春耕季節，農民男廢耕，女廢織，全年衣食無著；其二，早春二麥未熟，農民餓著肚子采茶制茶，困苦不堪；其三，官府收茶百般挑剔，十不中一，茶農只好忍受高價盤剝，向富戶購買好茶，以充定額；其四，無法交夠定額，只得買賄官校，以求幸免；其五，官校乘機買賣貢茶，敲詐勒索，整得農民傾家蕩產。

天下產茶之地，歲貢都有定額，有茶必貢，無可減免。據《明舊志》載，明神宗萬歷年間（公元1573～1620年），昔富陽鰣魚與茶井貢，百姓苦難言。僉事韓邦奇曾寫了一首《茶歌》，揭露當時統治者的罪行。

至清朝，貢茶產地進一步擴大，江南、江北著名產茶地區都有貢茶，有些貢茶還是皇帝親自指封的。如清圣祖康熙皇帝在康熙三十八年（公元1699年）南巡江蘇太湖，巡撫宋犖購朱正元獨自精制的品質最好的“嚇殺人香”茶進貢，康熙皇帝以其名不雅，即題曰“碧螺春”，從此“碧螺春”茶歲必采辦進貢。

清高宗乾隆皇帝在乾隆十六年（公元1751年）南巡時，為搜刮地方名產，詔今日：進獻貢品者，庶民可升官發財，犯人重刑減輕。徽州名茶“老竹鋪大方”，就是當時老竹廟和尚大方創制進貢的，乾隆就賜以“大方”為茶名，自此也歲歲精制進貢。

浙江杭州西湖龍井村至今還保存著當年乾隆皇帝游江南時封為御茶的18棵茶樹。據傳，乾隆十八年（公元1753年），乾隆皇帝在杭州游了天竺，覽鄉民采茶焙制之法以后，又微服私訪至龍井獅峰，品嘗了胡公廟前茶樹上所采茶葉制成的龍井茶，果然香味尤佳，遂將廟前18棵茶樹封為御茶，從此龍井茶名聲更大，歲貢更多。然而皇帝的歡心，換來的是百姓的苦難。清朝錢塘人陳章，看到朝廷貢茶強加在茶戶身上的苦難，以同情之心，寫了一首《采茶歌》，歌云：“風篁嶺頭春露香，青裙女兒指爪長，度澗穿云采茶去，日午歸來不滿筐。催貢文移下官府，那管山寒芽未吐，焙成粒粒比蓮心（龍井茶挺秀黃綠似蓮心），誰知依比蓮心苦。”

元、明、清朝貢茶的采制方法和貢茶品目，歷經700多年的變革，有很大的差異性。元朝仍以蒸青團餅茶為主，明朝開始改貢芽茶，妙青技術得到了很大的發展，采摘細嫩芽葉，炒制成形態各異的茶葉。這時蒸青茶、烘青茶、炒青茶并存。至清朝，在明朝貢茶的基礎上有了擴大，以烘青茶與炒青茶為主，制工更加精細，外形千姿百態，同時創制了烏龍茶、紅茶、黑茶、花茶等，廣大茶區形成了多種茶類的貢茶。